Uma forma mais avançada do Sharingan, que só é conseguido, segundo Itachi Uchiha, matando seu melhor amigo ou com a morte do seu familiar mais próximo como aconteceu com Sasuke Uchiha(no caso de Madara Uchiha e Izuna Uchiha oMangekyou Sharingan foi conseguido através do árduo treinamento que eles fizeram matando seus entes queridos), mas essa sentença tem por significado se desapegar emocionalmente de qualquer laço,nao tornado necessario o assassinato . O Mangekyou Sharingan é o nível no qual o ninja pode usar seus melhores Jutsus com um simples cruzar de olhos, não dando chance do inimigo escapar. Nesse nível especial do Sharingan alguns jutsus são desenvolvidos,porém tamanho poder também traz uma consequência por seu uso prolongado, a cegueira, ou seja, quanto mais o membro do Clã Uchiha utilizar-se de seu Mangekyou Sharingan, mais perto da cegueira total ele estará. Sasuke Uchiha só pôde despertar esse nível do Sharingan após ter sido libertado do Juin e ter descoberto a verdade sobre seu irmão, que ele era na verdade uma pessoa boa e que o amava. Após a morte de Itachi Uchiha, Sasuke Uchiha despertou o Mangekyou Sharingan.
